Vysoce postavení činitelé Sovětského svazu nedávali projektu velkou prioritu, jelikož se v tu dobu byl prováděn intenzivní vývoj raketových systémů. Z toho důvodu byla konstrukční kancelář velmi omezena ve věci financování. Nehledě na to ale byl první model letounu zkonstruován, byly provedeny zkoušky a jejich výsledky byly reflektovány na návrzích letounu. První let Jak-41 se ale konal až na konci 80. let minulého století. Podle prvotního plánu se testovací lety měly dokončit v roce 1995. Kvůli rozpadu Sovětského svazu byly práce na letounu pozastaveny z důvodu nedostatku financování, píše portál.

V září roku 1991, poté, co bylo vyhlášeno, že na projekt Jak-41 se dále nebudou vydělovat finance, začala konstrukční kancelář Jakovleva hledat partnery na mezinárodním poli, aby mohly být prováděny práce a zkoušky. Tou dobou americká společnost Lockheed Martin hledala partnery pro konstrukci vlastního útočného letounu. Obě společnosti začaly okamžitě spolupracovat, konstrukční kancelář Jakovleva odeslala v červnu 1992 svůj prototyp na letecký salon ve Farnborough ve Velké Británii. Na tomto leteckém salonu společnost prohlásila, že v roce 1991 začala spolupracovat s Lockheed Martin a získala financování o rozměru 400 milionů dolarů. Ty to prostředky, podle Inosmi, byly použity na postavení tří prototypů, ani jeden z nich ale následně neprošel letovými zkouškami.

Společnost Lockheed Martin přiznala spolupráce s konstrukční kanceláří Jakovlev až v roce 1994. Teprve až po úspěšném prvním letu X-35 Lockheed přiznal, že jejich prototyp byl postaven na základě výkresů Jak-141, které společnost získala od konstrukční kanceláře Jakovlev.