Za prvé — v jezerech, přes která je možné se dostat do jeskyně, se často koupají turisté. Za druhé — nad některými úseky jeskyně probíhá centrální dálnice mexického státu Quintana Roo. Podle vědců silnice způsobuje hroucení stěn jeskyně.

Za třetí — v jeskyni je zaznamenána vysoká úroveň kyselosti. Badatelé spojují tuto skutečnost s tím, že nedaleko od nejdůležitějšího archeologického objektu se nachází skládka odpadu, jejíž odpadní voda se dostává přímo do Sac-Actunu. Kyselé prostředí může poškodit ještě neobjevené lidské a zvířecí pozůstatky, které se nacházejí v jeskyni.

Badatelé chtějí dosáhnout toho, aby jeskynní systém o délce 347 kilometrů byl uznán jako památka UNESCO.