Ještě před skončením II. vatikánského koncilu mu bylo v únoru 1965 sděleno, že brzy bude muset sloužit ad experimentum, tedy na zkoušku, mši v novém ritu v italštině, která bude podle směrnic liturgické komise více vyhovovat „potřebám moderního člověka“. Ihned, aniž ještě spatřil text nového mešního ritu, poslal papeži Pavlu VI. žádost o výjimku z tohoto liturgického experimentu a možnost sloužit i nadále původní tradiční mši. Když mu kardinál Bacci přivezl souhlasnou odpověď, dovolil si otec Pio v přítomnosti papežského vyslance postěžovat: „Pro lásku Boží, rychle ten koncil ukončete!“