Uvádí se, že nové koronaviry se mohou objevit, když dva různé kmeny současně infikují zvíře, což způsobí rekombinaci virového genetického materiálu ve stejné buňce. Vědci se v současné době domnívají, že SARS-CoV-2 vznikl právě z této homologní rekombinace různých kmenů netopýřích koronavirů, a poté byl prostřednictvím mezihostitele, působícího jako rezervoár, přenesen na člověka. Takový mezihostitel byl pravděpodobně jedním z druhů pangolinů (Luskounovitých).

Nicméně, je téměř nemožné přesně zjistit, kde nový koronavirus vznikl a jakou cestou si prošel, dokud nedojde k dalšímu propuknutí infekce v lidské populaci. Aby bylo možné nějakým způsobem předpovědět pravděpodobné cesty vzniku nových patogenů, rozhodli se vědci z Liverpoolské univerzity pod vedením Mayi Wardehové z Institutu infekcí zjistit, jak jsou různí savci náchylní k různým koronavirům. Takové informace jsou podle autorů nezbytné k pochopení toho, kde může dojít k rekombinaci a tvorbě nových kmenů koronaviru.

Pomocí přístupu strojového učení tak vědci zanalyzovali vztahy mezi 411 kmeny koronaviru a 876 potenciálními hostiteli. Díky tomu určili, které druhy savců budou s největší pravděpodobností koinfikovány, a proto se stanou potenciálními hostiteli pro nové koronaviry.

Analýza ukázala, že existuje minimálně 11krát více asociací mezi druhy savců a kmeny koronaviru, než dosud prokázala empirická pozorování, a asi 40krát více druhů savců se čtyřmi nebo více kmeny koronaviru, než se dříve předpokládalo. Například se předpokládá, že asijská palmová cibetka a velký podkovovitý netopýr jsou hostiteli 32 (cibetka) a 68 (netopýr) různých koronavirů.

Autoři také identifikovali druhy zvířat, u nichž se může SARS-CoV-2 rekombinovat při vzniku nových kmenů, a bylo jich 30krát více, než bylo dosud známo. Mezi identifikované potenciální hostitele nových koronavirů patří oba druhy podílející se na vzniku předchozích ohnisek - netopýři, cibetky palmové a luskouni, ale také noví kandidáti, jako jsou kočky, ježci a králíci.

Vědci přiznávají, že jejich výsledky jsou založeny na omezených údajích o genomech koronaviru a asociacích virus-hostitel a že v případě některých druhů zvířat mohou existovat systematické chyby. V každém případě však jednoznačně ukazují, že rozsah vytváření nových koronavirů u divokých a domácích zvířat byl značně podceněn. Identifikace druhů s potenciálně vysokým rizikem vzniku nových kmenů koronavirů je nezbytná k posílení kontroly šíření zoonotických virů a pro zajištění systému včasného varování před výskytem nových koronavirů v budoucnosti, domnívají se vědci.