V roce 1957 přestoupil do Prahy na Kliniku dětské chirurgie FDL UK na Karlově, kde se od roku 1964 specializoval na dětskou onkologii. V roce 1978 bylo jeho pracoviště přesunuto do Fakultní nemocnice v Motole, kde setrval celý svůj další profesní život. Téhož roku byl jmenován primářem onkologického oddělení ve FN Motol. Přednostou Kliniky dětské onkologie se stal v roce 1983. Jmenovací řízení profesorem v oboru dětská onkologie úspěšně zakončil v roce 1987.
 

Obdržel řadu ocenění, na které Wikipedie upozorňuje seznamem ...  medaile Za zásluhy II. stupně od prezidenta republiky (1996), Medaile Josefa Hlávky, Medaile J. E. Purkyně, Zlatou medaile 2. LF UK, Zlatou medaile UK nebo Čestnou medailí Akademie věd České republiky „DE SCIENTIA ET HUMANITATE OPTIME MERITIS”.

V roce 2009 obdržel hlavní Národní cenu projektu Česká hlava. Byl  čestným občanem Prahy 7 a obce Soběhrdy, členem Rady Národního divadla, Nadace Národní galerie v Praze, Nadace Českého svazu výtvarných umělců grafiků Hollar či zakládajícím členem Učené společnosti ČR, které byl předsedou v letech 1998–2002. Byl autorem stovek vědeckých publikací a desítek učebnic a monografií.

  Josef Koutecký (31. srpna 1930 Praha – 5. července 2019 Praha)