Na podkladě materiálů, ke kterým měl přístup jako důstojník zpravodajské služby dojde k velmi závažným zjištěním, které mohou plně diskreditovat Bílý Dům. 

Bílým Domem byl označen jako „nejvíce nebezpečným rozhlasovým moderátorem“ v USA. Celá aféra se stává známá jako „FILEGATE“ roku 1996. 

Krátce po tomto objevu nařizuje tehdejší prezident Bill Clinton všem federálním agenturám začít vyšetřování, perzekuci a stíhání pana Coopera se snahou umlčet jej jednou provždy. Po dlouhých strastech, které zde nebudou rozepisovány a pokusech s protiofenzivními soudy, kdy se mu pod tlakem státní moci nedaří prokázat pravdivost svých informací stále bojuje za odhalení „své“ (?) pravdy o zločineckých praktikách amerického finančního úřadu (IRS) a Bílého domu, 

V roce 1998 ovlivněný zlou předtuchou prodává veškerá práva na své knihy a spisy včetně zpravodajských novin Veritas společnosti Hallmark s tím, že tato společnost veškerý materiál pojistí tak, aby byl v případě jeho smrti dostupný veřejnosti. V březnu roku 1999 posílá svou rodinu - manželku Annie a dcery - pryč ze Spojených států na bezpečné oficiálně neznámé místo. Od té doby se již nikdy nespatřili, pracuje a žije sám. Dne 5. 11. 2001 je při policejním útoku na jeho dům William Cooper zastřelen.